赤瓜礁位于北纬9度42分，东经114度17分，在永暑礁以东，为九章群礁西南端的一个小环礁，长约5000米，宽约400米，退潮露出海面。因水下礁盘上生长着形状像黄瓜的的红色海参，故名赤瓜礁。
    赤瓜礁外环有棕色火山岩，内环为白色珊瑚礁。我国渔民向称赤瓜线。1983年公布赤瓜礁为标准名称。
   整个赤瓜礁为一个呈三角形的巨大礁盘（称：赤瓜礁岛），礁内有次成泻湖发育，已形成一个小环礁地形。次成泻湖已为白沙填充，呈狭长状，东北有缺口于外海相通。礁盘上有褐色火山岩出露出海面1.3米（即：赤瓜礁）。
    1988年，当中国海军准备在永署礁建海洋观测站时，和越南海军发生一场海战，而赤瓜礁就是导火索和主要战场。
    1988年3月14日，人民海军502舰艇编队(护卫舰502、531、556)，在中国南沙群岛九章群礁边缘的赤瓜礁、鬼喊礁及琼礁海区与入侵的越南海军505编队发生战斗。冲突由争夺赤瓜礁开始，迅速发展为双方舰艇编队之间的海战。在越南海军登礁人员和舰船首先向我军登礁人员和军舰开火的情况下，中国海军舰队进行自卫反击，击沉越南海军604、605船，重创越南海军505舰，取得了海战的重大胜利。此战也成为人民海军历史上首次以自行研制的导弹护卫舰在远离大陆的条件下单独执行作战任务，并取得全胜的辉煌战例。
    1988年3月13日，我海军在赤瓜礁建立第一代“高脚屋”防卫哨，每当涨潮时，执勤战士常常浸泡在海水之中。后来改进为第二代“钢凉亭”，再到第三代钢筋混凝土结构，有卫星通讯设施，和相当好的防护能力。第三代高脚屋完成后，守礁战士仍舍不得拆除简陋第一代高脚屋，因为在寸土如金的南沙，有一个“散步”“休息”场所是很很珍贵的。